জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয়ের পরিবহন বিভাগ সূত্রে জানা গেছে, বর্তমানে শিক্ষার্থীদের যাতায়াতের জন্য মোট ১৬টি নির্ধারিত রুট রয়েছে। এসব রুটে চলাচলের জন্য মোট ৫২টি বাস ব্যবহৃত হচ্ছে। এর মধ্যে বিশ্ববিদ্যালয়ের নিজস্ব বাস ১৬টি এবং বিআরটিসি থেকে ভাড়ায় নেওয়া বাস রয়েছে ১১টি। তবে মোট বাসের মধ্যে ৩টি বর্তমানে অচল অবস্থায় রয়েছে, ফলে কার্যকর বাসের সংখ্যা আরও কমে গেছে ।বিশ্ববিদ্যালয়ের পরিবহন প্রশাসক আতিক বলেন,আমাদের দুইটি বাস সাবেক প্রধানমন্ত্রী শেখ হাসিনা উপহার দিয়েছিলেন। তবে বাসগুলো নিম্নমানের হওয়ায় দীর্ঘদিন ধরে অচল অবস্থায় পড়ে আছে। নতুন বাস কেনার জন্য বাজেট বরাদ্দ পাইনি। কিছু জায়গায় কথা চলছে, তবে এখনো চূড়ান্ত কিছু হয়নি।

বিশ্ববিদ্যালয়ে শিক্ষার্থীর সংখ্যা দিন দিন বাড়লেও গত ছয় বছরে পরিবহন সুবিধা বাড়েনি। বর্তমানে বিশ্ববিদ্যালয়ের নিজস্ব বাসের সংখ্যা অপরিবর্তিত থাকায় প্রতিদিন রাজধানীর বিভিন্ন প্রান্ত থেকে আসা শিক্ষার্থীদের চরম ভোগান্তির শিকার হতে হচ্ছে। বাসে স্থান না পেয়ে অনেকেই দাঁড়িয়ে কিংবা ঝুঁকিপূর্ণভাবে দরজার পাশে ঝুলে যাতায়াত করেন, ফলে বাড়ছে শারীরিক কষ্ট ও দুর্ঘটনার আশঙ্কা।অধিকাংশ বাসেই অগ্নিনির্বাপক যন্ত্র ও প্রাথমিক চিকিৎসা (ফার্স্ট এইড) কিটের অনুপস্থিতি দেখা যায়, যা যেকোনো দুর্ঘটনা বা জরুরি পরিস্থিতিতে শিক্ষার্থীদের  জন্য মারাত্মক ঝুঁকির কারণ হয়ে দাঁড়ায়।

বিশ্ববিদ্যালয়ের পরিবহন সংকট দীর্ঘদিনের। সর্বশেষ সাবেক উপাচার্য অধ্যাপক ড. মিজানুর রহমানের সময় ১১টি বাস ও ২টি মাইক্রোবাস কেনা হয়। এরপর আরও তিনজন উপাচার্য দায়িত্ব পালন করলেও পরবর্তী ছয়টি অর্থবছরে পরিবহন খাতে আর কোনো নতুন যানবাহন সংযোজন করা হয়নি।