মঙ্গলবার সন্ধ্যায় অসুস্থ হয়ে পড়লে তাকে হলি কেয়ার রেড ক্রিসেন্ট হাসপাতালে নেওয়া হয়। সেখানে চিকিৎসাধীন অবস্থায় কিছুক্ষণ পর তার মৃত্যু হয়। (ইন্না লিল্লাহি ওয়া ইন্না ইলাইহি রজিউন)।

বিশ্ববিদ্যালয় প্রশাসন ও সহপাঠীরা গভীর শোক প্রকাশ করেছেন। নাফিস খন্দকারের জানাজা নামাজ আজ বাদ মাগরিব সন্ধ্যা ৬টা ৪৫ মিনিটে কার্জন হল প্রাঙ্গণে (রসায়ন বিভাগ) অনুষ্ঠিত হবে।