অভিযোগ অনুযায়ী, তিনি প্রথম বর্ষের শিক্ষার্থী থাকাকালীন সময়ে  পুরান ঢাকার একটি মেস থেকে শিবির সন্দেহে আইনশৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনীর হাতে গ্রেফতার হয়েছিলেন।

সম্প্রতি শিবিরের একটি মিছিলের ভিডিও সামাজিক যোগাযোগমাধ্যমে ভাইরাল হয়েছে, যেখানে জবি ছাত্রদলের সদস্য সচিব শামসুল আরেফিনকে উপস্থিত অবস্থায় দেখা গেছে বলে দাবি করেছে কয়েকজন শিক্ষার্থী।২০২৩ সালে আল্লামা দেলোয়ার হোসেন সাইদী মারা গেলে পিজি হাসপাতালে তাৎক্ষণিক শিবিরের মিছিলের  প্রোগ্রামে সদস্য সচিবকে স্লোগান দিতে ভিডিও তে দেখা যায়।
নাম প্রকাশে অনিচ্ছুক সাবেক ছাত্রদল নেতা বলেন, আমরা জামাতের সাথে যৌথ আন্দোলন করছি এটা ঠিক কিন্তু শিবিরের আলাদা প্রোগ্রামে ছাত্রদলের নেতা উপস্থিত ,এটা সন্দেহের চোখে থাকবে। শিবিরের মিছিলের একক ছাত্রদল নেতার উপস্থিত সন্দেহের চোখে থাকবে।

অতীতে একই অভিযোগ ওঠায় বিষয়টি নিয়ে শামসুল আরেফিন বলেছিলেন, তার বিরুদ্ধে আনা অভিযোগ উদ্দেশ্যপ্রণোদিত এবং তিনি সবসময় ছাত্রদলের রাজনীতির সঙ্গেই যুক্ত ছিলেন। অভিযোগটি সত্য নয়  দাবী করে জগন্নাথ বিশ্ববিদ্যালয় ছাত্রদলের আহ্বায়ক মেহেদি হাসান হিমেল বলেন,  " আরেফিন গত ১৭ বছর ছাত্রদলের আন্দোলন সংগ্রামে যুক্ত ছিলো, রাজপথের পরীক্ষিত নেতা শামসুল আরেফিন" 
অভিযোগের বিষয়ে শাখা  ছাত্রদলের সদস্য সচিব শামসুল আরেফিনের সাথে মুঠোফোন মাধ্যমে বারবার যোগাযোগ করার চেষ্টা করলেও তিনি কল রিসিভ করেনি।   বাংলাদেশ জাতীয়তাবাদী ছাত্রদলের কেন্দ্রীয়  সভাপতি ও সাধারণ সম্পাদকের সাথে মুঠোফোনে একাধিকবার যোগাযোগ করলেও তাদেরকে পাওয়া যায়নি