বিশ্ববিদ্যালয়ের বিভিন্ন দপ্তর, পরিবহন, বিভাগের নোটিশ, ও সামাজিক যোগাযোগমাধ্যমে একেক সময় একেক ভাবে লেখা হচ্ছে বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম। চাকরি প্রার্থীদের বিশ্ববিদ্যালয়ের চেয়েজে সময়ও পরতে হয় বিভ্রান্তিতে। কারণ একই বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম কোথাও "ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়" কোথায়ও "ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, বাংলাদেশ" আবার কোথাও "ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, কুষ্টিয়া"। 

বিশ্ববিদ্যালয়ের শিক্ষার্থীরা বলেন, ভর্তি হবার পরে সবচেয়ে বেশি সমস্যায় পড়তে হয় বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম নিয়ে। বিভিন্ন জায়গাতে বিভিন্ন ভাবে এ বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম লিখা হয়। যার ফলে আমরা বিভ্রান্ত হয়ে যায়। অনেক সময় ঢাকার মুগদাতে অবস্থিত "বাংলাদেশ ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়"-এর সাথে এ বিশ্ববদ্যালয়ের নাম গুলিয়ে যায়। তাই এ বিভ্রান্তি দূর করে উপযুক্ত পদক্ষেপ নেওয়া প্রয়োজন।

বিশ্ববিদ্যালয়ের নামের বিষয়ে উপাচার্য অধ্যাপক ড. নকীব মোহাম্মদ নসরুল্লাহ বলেন, আমি বিশ্ববিদ্যালয়ের বিধিমালাতে দেখেছি এ বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম "ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, বাংলাদেশ"। পরবর্তীতে সিন্ডিকেটে এটিকে "ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, কুষ্টিয়া" করা হয়। 

তিনি "ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, বাংলাদেশ" নাম ব্যবহারে উৎসাহিত করে বলেন, আমার এই বিষয়টি নিয়ে পরবর্তী সিন্ডিকেটে পর্যালোচলা করবো।

চাকুরির আবেদনের ক্ষেত্রে বিশ্ববিদ্যালয়ের নাম চয়েজের বিভ্রান্তির বিষয়ে তিনি বলেন, 'এবিষয়ে উদ্যোগ গ্রহন করতে হবে, অফিসিয়াল চিঠি দিতে হবে।'

এসময় তিনি সাংবাদিকদের "ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, বাংলাদেশ" পরিচয়কে তুলে ধরার আহ্বান জানান।